Les inconvénients du régime de séparation de biens incluent le fait que le conjoint survivant peut se retrouver lésé en fonction des volontés testamentaires du défunt. Le risque existe également que les donations effectuées pendant le mariage soient considérées comme nulles, ou qu'elles soient révoquées, notamment si elles ont été faites sans le consentement explicite de l'autre époux. De plus, sauf preuve contraire ou clause de société d'acquêts, les biens acquis pendant le mariage sont présumés propres à l'époux qui les a acquis, ce qui peut créer des difficultés en cas de dissolution du mariage. La gestion des biens communs peut également s'avérer complexe, notamment lorsqu'il est difficile de déterminer la quote-part de chaque époux dans la propriété d'un bien. En outre, la liquidation du régime de séparation de biens peut s'avérer plus ardue lorsqu'il est impossible de savoir quel est le propriétaire d'un bien acheté par les époux pendant le mariage, ce qui peut entraîner des conflits et des litiges entre les époux. La séparation des patrimoines peut également rendre plus difficile la planification successorale et la protection des intérêts des héritiers. Enfin, ce régime peut également impliquer des frais supplémentaires pour les époux, notamment pour la rédaction de contrats de mariage et la gestion des biens séparés.